医院継承「個人」と「医療法人」でどう違う？ 手続き・契約・税金まで整理

まずは譲渡スキームについて確認していきたいと思います。M&Aにおける譲渡スキームには様々な手法がありますが、医院継承やクリニックM&Aにおいては、主に「事業譲渡」もしくは「出資持分譲渡」のいずれかで行われます。医療法人の場合には、分割や合併といった方法も制度上は可能ですが、クリニックの事業継承で用いられるケースはほとんどないため、本記事では割愛します。

個人開設のクリニックを継承する場合は、事業譲渡により売手個人から買手個人、または医療法人へクリニックの経営権を移します。一方、医療法人開設のクリニックを継承する場合は、医療法人の出資持分を譲渡し、さらに社員を入れ替えることで経営権を継承します。株式会社のM&Aでは、株式を譲渡することで取締役の入れ替えを伴わずに経営権を取得できますが、これは株主が取締役の選任権を持っているためです。
しかし、医療法人の場合は仕組みが異なり、出資持分の保有と役員の選任権は切り離されています。役員は社員総会で選任されるため、役員になるには「社員」として登録される必要があります。したがって、出資持分を保有するだけでは医療法人の財産権を持つにとどまり、経営権までは取得できません。完全に経営権を取得するには、出資持分の譲渡と社員の入れ替えの両方を行う必要があります。

2025年現在、第三者医院継承の増加により、こうした法人スキームの選択は重要性を増しています。買手にとっては単なる財産の継承だけでなく、経営権の取得手続きを正確に理解することが不可欠です。そのため、弊社のような継承支援サービスのプロをご活用いただくことをおすすめいたします。

個人開設のクリニックを継承する場合、事業譲渡によって開設者が変わるため、行政上は「廃止」と「新規」の手続きが必要になります。具体的には、売手が保健所や厚生局に対して廃止届を提出し、買手が新たに開設届を提出します。あわせて税務署や社会保険関係の届け出も新規扱いとなり、手続きが一からやり直しになるのが特徴です。
一方で、医療法人開設のクリニックを継承する場合は、開設者はあくまで医療法人そのものです。そのため法人格は変わらず、保健所や厚生局には理事長や管理者の変更届を提出する形になります。加えて、税務署や労基署などにも代表者変更の届け出を行いますが、個人開設と比べると「法人を廃止・新設するわけではない」点が大きな違いです。

行政手続きは、ここ数年で一部オンライン化が進みましたが、依然として医療機関に関する届出は紙ベースや窓口対応が残る分野です。したがって、個人開設は新規扱いの負担が重く、法人は手続きの煩雑さが軽減されるという構造は変わっていません。

個人開設のクリニックを継承する場合、行政上は「廃止・新規扱い」になるため、保険医療機関コードは新しく発番されます。その結果、診療報酬請求の継続性が途切れるため、過渡期には遡及請求の手続きが必要になります。これは医療事務にとって大きな負担となり、特にレセプト請求が集中する月末月初には業務が煩雑になりがちです。
一方、医療法人開設のクリニックでは、開設者が医療法人として継続するため、保険医療機関コードはそのまま使用可能です。診療報酬請求も継続して行えるため、現場の混乱は最小限で済むのが大きな利点です。

ここ数年、オンライン請求やレセプトシステムの普及によって実務の効率化は進んでいますが、個人開設のクリニックでは依然としてコード変更に伴う調整業務が発生し、制度としての不便さは残り続けています。

前述のとおり、個人開設のクリニックを継承する場合は保険医療機関コードが新しくなるため、診療報酬の遡及請求が必要になるケースがあります。

クリニックで保険診療を行うには、診療を開始する前月10日までに厚生局へ「保険医療機関指定申請」を提出しなければなりません。新規開業であれば問題なく前月に提出できますが、継承開業の場合はその時点でまだ前院長が診療を行っているため二重申請ができません。そのため、継承後に申請を行うことになり、原則では翌月からしか保険診療ができないという空白が生じます。この空白を埋めるのが「遡及請求」です。遡及請求が認められるには診療の継続性が重視され、カルテの引継ぎや休診なしでの診療継続が求められます。行政によっては、後継者が継承前に非常勤医として勤務していた実績がなければ認められないこともあります。認められなければスムーズな診療承継ができず、通院中の患者さんに影響が及ぶため注意が必要です。
医療法人開設のクリニックの場合は、開設者や保険医療機関コードが変わらないため、遡及請求は不要です。この点は、法人形態の大きなメリットといえます。

また、カルテの引継ぎについて「患者さんの同意なしで後継者に渡してよいのか、個人情報保護法に抵触しないか」といった質問をいただくことがあります。事業継承における顧客情報の引継ぎは、従前の利用目的の範囲内であれば個人情報保護法違反にはあたりませんのでご安心ください。カルテ引継ぎと個人情報の取り扱いについては、以下のコラムで詳しく解説しています。

カルテ引継ぎは個人情報保護法違反！？医院継承時のカルテの取り扱いと個人情報保護法について

個人開設のクリニックを継承する場合、譲渡対価は買手個人（あるいは医療法人）から売手個人へ直接支払う形になります。構造はシンプルで、事業そのものの売買としての性格が強いのが特徴です。
そして医療法人開設のクリニックを継承する場合は、出資持分の譲渡対価＋退職金の支払いを組み合わせることが一般的です。具体的には、売手が個人で保有する出資持分を買手個人に譲渡し、その対価を買手が売手へ支払います。あわせて、医療法人から売手個人に退職金が支払われるケースが多く、実務上はこの二つを組み合わせて精算するのが通例です。

近年は、金融機関も案件ごとの事業性評価をより重視する傾向にあります。特に退職金支払いを含む法人スキームでは、資金調達の段取りが重要となります。スキームの選択は単なる契約上の違いにとどまらず、実際の資金調達のしやすさにも影響するため、検討段階から意識しておく必要がある、とお考えいただくのが良いでしょう。

個人開設のクリニックを継承する場合、譲渡対価は買手様個人が売手様個人に直接支払います。そのため自己資金でまかなえない場合は、買手様個人が金融機関から融資を受けることになります。融資審査は個人に対して行われ、返済責任も買手様個人が負う形です。
一方、医療法人開設のクリニックでは、出資持分の買取と、医療法人から売手様個人に対する退職金支払いを組み合わせるのが一般的です。出資持分の買取資金は買手様個人が融資を受けて準備します。他方で退職金の原資は医療法人内部の現預金から拠出し、不足分があれば医療法人が融資を受けて補うことになります。なお、この法人融資について売手様個人に債務責任が及ぶことはなく、連帯保証が必要な場合は通常、買手様が保証人となります。

2025年の資金調達環境としては、長期金利の上昇を背景に金融機関は案件ごとの事業性評価を重視する姿勢を強めている傾向にあります。ただし医師による継承開業は依然として「低リスクの融資対象」と位置づけられており、日本政策金融公庫や大手銀行でも医師向け独立支援ローンが拡充されています。医療機器や建築費の高止まりもあり、資金調達をどう設計するかは継承を進めるうえで重要な要素となっています。

クリニック経営では、不動産賃貸借契約、医薬品卸や臨床検査会社との基本契約、医療機器の保守契約、リース契約、電気・ガス・通信などのライフライン契約まで、さまざまな契約が結ばれています。個人開設のクリニックを継承する場合、事業主が変わるため、後継者が各取引先と新たに契約を締結し直す必要があります。これは不動産賃貸借契約から小さな取引契約まで幅広く及び、事業譲渡の際に見落としがちなポイントです。
医療法人開設のクリニックの場合は、契約主体が医療法人のまま変わらないため、従前の契約をそのまま引き継ぐことが可能です。ただし例外として、医療法人名義の契約であっても売手個人が連帯保証人になっている場合があり、その場合は保証人の差し替え手続きが必要になります。特に不動産賃貸借契約では連帯保証が付いているケースが多いため注意が必要です。

2025年現在では、電子契約やクラウド型の契約管理ツールが普及しており、契約の巻き直しや保証人変更の手続きが以前より可視化されやすくなったという側面もあります。それでも、契約主体が変わる個人開設と、法人で継続できるケースの差は依然として大きく、継承準備の段階から確認を徹底することが重要です。

個人開設のクリニック（事業譲渡）では、売手に譲渡益が発生した場合、資産の種類に応じて課税されます。不動産は分離課税、営業権や医療機器は総合課税の対象となり、税率は所有年数や所得額によって変動します。
一方で医療法人開設のクリニックでは、出資持分の譲渡益は分離課税（20％）で課税されます。さらに、医療法人から売手個人に支払われる退職金は、退職所得控除や1/2課税の仕組みにより税負担が軽減され、実質的な税率は支給額の約25％前後に収まるのが一般的です。

詳細な税率や控除の計算方法については、国税庁ページをご参照ください